იაპონია კუნძულოვანი სახელმწიფოა აზიის კონტინენტის აღმოსავლეთით, რომელიც რკალისებური ფორმით არის განლაგებული წყნარი ოკეანის აუზში. იაპონიის არქიპელაგი შედგება ფართობის მიხედვით დიდიდან მცირისკენ თანმიმდევრულად განლაგებული ოთხი უდიდესი (ჰონშიუ, ჰოკაიდო, კიუშიუ, შიკოკუ) და მრავალი მცირე ზომის კუნძულისგან. წყნარი ოკეანე იაპონიის აღმოსავლეთით მდებარეობს, ხოლო იაპონიისა და აღმოსავლეთ ჩინეთის ზღვები მას აზიის კონტინენტისგან გამოჰყოფს.
განედური მდებარეობით, იაპონია ნაწილობრივ თანხვდება ხმელთაშუა ზღვისა და ჩრდილოეთ ამერიკის ქალაქ ლოს ანჯელესის გეოგრაფიულ მდებარეობას, ჩრდილოეთის მხრიდან კი პარიზისა და ლონდონის განედი ნაწილობრივ უახლოვდება ჰოკაიდოს კონცხის ჩრდილოეთი ნაწილის განედს.
იაპონიის ხმელეთის სრული ფართობი დაახლოებით 378,000 კვ. კმ.-ია, რაც მიახლოებით უთანაბრდება გერმანიის, ფინეთის, ვიეტნამის ან მალაიზიის ფართობს, ხოლო ამერიკის შეერთებული შტატების მთლიანი ფართობის მხოლოდ 1/25–ს შეადგენს, ე. ი., მარტო კალიფორნიის შტატთან შედარებითაც კი მცირეა.
იაპონიის სანაპირო ზოლი მრავალფეროვნებით გამოირჩევა. ზოგან თუ ზღვის სილიანი სანაპირო ზოლი სწორად და უწყვეტად გრძელდება 60 კმ–ის მანძილზე, მაგალითად, კუჯიუკურიჰამაში (ჩიბას პრეფექტურა), ნაგასაკის პრეფექტურისთვის დამახასიათებელია ნახევარკუნძულების, ვიწრო ყურეებისა და ნაპირისგან დაშორებული კუნძულების სიმრავლე (ამავე პრეფექტურას განეკუთვნება გოტოს არქიპელაგი და ცუშიმასა და იკის კუნძულები). სანაპირო ზოლი გამოირჩევა უამრავი ვიწრო სრუტითა და წამახვილებული კლდით, რაც განპირობებულია დედამიწის ქერქში მიმდინარე თავდაპირველი ცვლილებების დროს ყოფილი სანაპირო ზოლის ნაწილის ჩაძირვით.
ოკეანის თბილი დინება, ცნობილი კუროშიოს ანდა იაპონიის დინების სახელწოდებით, იაპონიის არქიპელაგის სამხრეთ ნაწილს მიუყვება და მიედინება ჩრდილო-აღმოსავლეთისკენ, ხოლო მისი ერთერთი განშტოება, რომელიც ცნობილია ცუშიმას დინების სახელწოდებით, მიედინება ქვეყნის დასავლეთი მხარის გასწვრივ და ერთვის იაპონიის ზღვას. ჩრდილოეთიდან მომავალი ცივი დინება – ოიაშიო, იგივე ჩიშიმას დინება, მიემართება სამხრეთისკენ იაპონიის აღმოსავლეთ სანაპირო ზოლის გასწვრივ, ხოლო მისი შენაკადი, რომელიც ლიმანის დინების სახელითაა ცნობილი, იაპონის ზღვაში ჩრდილოეთის მხრიდან ჩაედინება. აღსანიშნავია, რომ სწორედ ცივი და თბილი დინებების შერევა უწყობს ხელს იაპონიის წყლებში მდიდარი სარეწი რესურსების წარმოქმნას.
ცხელი წყაროებისა და მიმზიდველი პეიზაჟების ქვეყანა იაპონიის ხმელეთის ზედაპირის სამი მეოთხედი მთაგორიანია. ცენტრალური ჰონშიუს ჩიუბუს რეგიონს “იაპონიის სახურავსაც” კი უწოდებენ, სადაც ბევრი მთის სიმაღლე 3,000 მეტრს აჭარბებს.
იამანაშისა და შიძუოკას პრეფექტურების საზღვარზე მდებარეობს იაპონიის ყველაზე მაღალი მთა – ფუძი, რომლის სიმაღლე ზღვის დონიდან 3,776 მ.-ია. იაპონიის მეორე უმაღლესი მწვერვალია კიტადაკე, რომელიც მდებარეობს იამანაშის პრეფექტურაში და მისი სიმაღლე ზღვის დონიდან 3,192 მ.-ია. მესამე უმაღლესი მწვერვალია ჰოტაკადაკე, რომელიც მდებარეობს ნაგანოსა და გიფუს პრეფექტურების საზღვარზე და მისი სიმაღლე ზღვის დონიდან 3, 190 მ.-ია.
იმდენად, რამდენადაც იაპონია განლაგებულია წყნარი ოკეანის ვულკანური სარტყელის გასწვრივ, მას გააჩნია რამდენიმე ვულკანური რეგიონი. ზოგადად, იაპონიის უკიდურესი ჩრდილოეთიდან უკიდურეს სამხრეთამდე გამოკვეთილია 7 ვულკანური რეგიონი.
ვულკანების მთლიანი რაოდენობიდან დაახლოებით ოთხმოცამდე ვულკანია აქტიური, მათ შორისაა: მიჰარა იაპონიის კუნძულ იძუოშიმაზე; ასამას მთა ნაგანოსა და გუნმას პრეფექტურების საზღვარზე და ასოს მთა კუმამოტის პრეფექტურაში. მსოფლიოს 840 მოქმედი ვულკანიდან იაპონიაში მათი ერთი მეათედი მდებარეობს. ეს მაშინ, როცა იაპონიას მსოფლიოს სახმელეთო ფართობის მხოლოდ 1/400 ნაწილი უჭირავს. რაც შეეხება, ცნობილ ფუჯის, იგივე ფუჯის მთას, ის 1707 წლის ბოლო ვულკანური ამოფრქვევის შემდეგ მიძინებულია და მისი გააქტიურება ნაკლებად სავარაუდოა.
მიუხედავად იმისა, რომ ამოფრქვევების შედეგად ვულკანებს დიდი ზარალი მოაქვთ ქვეყნისთვის, არსებობს დადებითი მხარეც, რითაც ვულკანები მნიშვნელოვან როლს თამაშობენ ტურისტების მოსაზიდად. ისეთი ტურისტული მხარეები, როგორებიცაა ნიკო, ჰაკონე და იძუს ნახევარკუნძული, განთქმულა უნიკალური თერმული წყაროებითა და ვულკანური მთების მიმზიდველი ხედებით.
ვულკანების არსებობა ადასტურებს, რომ იაპონიის არქიპელაგის ქვეშ დედამიწის ქერქი არამდგრადია და ენერგიითაა სავსე, რაც იაპონიას მიწისძვრის რისკის ქვეშ მყოფი ქვეყნების რიცხვს მიაკუთვნებს. ყოველწლიურად იაპონიაში ათასამდე მძლავრი მიწისძვრა ხდება. 1995 წლის იანვარში მომხდარმა ჰანშინ–ავაჯის ძლიერმა მიწისძვრამ, დაახლოებით 6 000 ადამიანის სიცოცხლე იმსხვერპლა, 40 000 ადამიანი დაშავდა, ხოლო 200 000 ადამიანი უსახლკაროდ დარჩა. ნიიგატას პრეფექტურაში 2004 წლის ოქტომბრის მიწისძვრამ 60 ადამიანი გამოასალმა სიცოცხლეს, ხოლო 4 700–ზე მეტი დაშავდა. 2011 წლის მარტში 9 ბალიანი მიწისძვრა დაფიქსირდა სანრიკუს (ტოჰოკუ) სანაპიროსთან წყნარ ოკეანეში, რამაც განაპირობა ათმეტრიანი სიმაღლის ცუნამის წარმოშობა, რამაც ტოჰოკუს რეგიონიდან კანტოს რეგიონამდე ვრცელ სანაპირო ზოლს გადაუარა; მიწისძვრისა და ცუნამის შედეგად დაღუპულთა და უგზო–უკვლოდ დაკარგულთა რიცხვმა 19 000-მდე მიაღწია.
მთაგორიანი იაპონია მდინარეთა სიუხვით გამოირჩევა. მათი უმეტესობა ჩქარია. მთების, ხეობ-ებისა და აუზების გავლის შემდეგ ისინი ოკეანეს ერთვიან. ამგვარი დინების მქონე მდინარის მაგალითად შეიძლება დასახელდეს კურობე, რომელიც სათავეს იღებს 2,900 მეტრის სიმაღლის იაპონიის ალპებიდან; მოედინება 83 კილომეტრის მანძილზე და იაპონიის ზღვაში ჩაედინება.
იაპონიის ყველაზე გრძელ მდინარეს წარმოადგენს მდინარე შინანო, რომელიც ჩუბუს მთებიდან იღებს სათავეს და ნიიგატას პრეფექტურის გავლით იაპონიის ზღვასთან შესაერთებლად მიედინება 367 კილომეტრ მანძილზე; სიგრძით მეორე მდინარეა ტონე, იგი წყნარ ოკეანეში ჩადინებამდე კანტოს ველს გადაჰკვეთს; ხოლო მესამე მდინარის, იშიკარის, სიგრძე 286 კილომეტრია და ჰოკაიდოში მიედინება. მდინარეების უმრავლესობა მთიანი რეგიონებიდან იღებს სათავეს და ზღვასთან შეერთებამდე სხვადასხვა ზომის ველებსა და აუზებზე ფართო, მარაოსებრ დელტას ქმნის, რაც საკმაოდ დიდ ზეგავლენას ახდენს იაპონიის ტოპოგრაფიის ფორმირებაში. ქვეყანაში არსებული დაბლობების უმეტესობა მცირე ზომისაა. უდიდესია კანტოს დაბლობი, რომელიც ტოჩიგის, იბარაკის, გუნმას, საიტამას, ჩიბას, ტოკიოსა და კანაგავას პრეფექტურების ნაწილებს მოიცავს. სხვა შედარებით დიდი ფართის დაბლობებს განეკუთვნება ეჩიგოს დაბლობი (ნიიგატას პრეფექტურა), იშიკარის დაბლობი (ჰოკაიდო) და ნობის დაბლობი (აიჩისა და გიფუს პრეფექტურები).
იაპონიის კლიმატის ძირითად მახასიათებელს წელიწადის ოთხ დროს შორის ტემპერატურის მკვეთრად გამოხატული ცვლილება წარმოადგენს. ჩრდილოეთიდან სამხრეთამდე იაპონია დაახლოებით 25-გრადუსიანი დიაპაზონის სარტყელს ფარავს. ზამთარში ციმბირიდან მომავალი სეზონური ქარების ზეგავლენა იგრძნობა, რასაც ზაფხულში ენაცვლება წყნარი ოკეანიდან გადმონაცვლებული ქარის მასები. მცირე ფართობის მიუხედავად, ქვეყანა ოთხ განსხვავებულ კლიმატურ ზონას მოიცავს.