წყალქვეშა სამყაროს დაცვა ერთ-ერთი გლობალური პრობლემაა. იაპონელი მკვლევრების ცნობით, ბუნებრივი წყალქვეშა ლანდშაფტი სანაპირო რაიონებში უკვე იშვიათობად იქცა და ამიტომაც აქ დიდი ყურადღება ექცევა წყალქვეშა პარკების შექმნას. ქვეყანაში მათი რიცხვი საკმაოდ დიდია და თითქმის ყველა პრეფექტურას თავისი ეროვნული პარკი აქვს.
მსოფლიოში პირველი წყალქვეშა პარკი კარიბის ზღვაში 1962 წელს გაიხსნა. მოგვიანებით იაპონიაში შეიქმნა საზღვაო პარკების მოწყობის კომიტეტი, რომელთა ძალისხმევით ქვეყანაში ზღვის სანაპირო პარკები შეიქმნა, მათ შორის ზღვის ფსკერზეც კი. შემთხვევითი არ არის, რომ იაპონიაში დიდ ყურადღებას უთმობენ საზღვაო პარკებს, რასაც ქვეყნის კუნძულოვანი გეოგრაფიული მდებარეობა განსაზღვრავს. აქ იაპონიის წყალქვეშა პარკები საოცარი სანახავია. ჩრდილოეთის შედარებით ცივი წყლის სამყაროს სამხრეთის თბილი ტროპიკული წყლები ცვლის, სადაც გავრცელებულია აქტინია, მარჯნები, რომლებიც წყალქვეშა სამყაროს საოცარ ეფექტურ იერს აძლევს. გრანდიოზულ სანახაობას ქმნის ლამინარიების ტყე და სხვადასხვა წყალმცენარეები.
იაპონიის ერთ-ერთ წყალქვეშა ნაკრძალში, კუნძულ მიკიმოტოზე მოწყობილია ლაბორატორია, სადაც ხელოვნური მარგალიტები გამოჰყავთ. ეს ადგილი მარგალიტის ინდუსტრიის ცენტრია. 1919 წელს მსოფლიო ბაზარზე ამ წყალქვეშა პარკში გამოყვანილი პირველი ხელოვნური მარგალიტიც გამოჩნდა. იაპონიაში ტურისტებს შეუძლიათ დაათვალიერონ ოკეანოგრაფიული მუზეუმი, დელფინების თეატრი, სადაც „ზღვის ფსკერის ეს ინტელიგენტები“ მაყურებლებს აცვიფრებენ: თამაშობენ ფრენბურთსა და კალათბურთს, ხტებიან ალმოდებულ რგოლში და სხვადასხვა ილეთს ასრულებენ. მათი სიღრმიდან მარგალიტის შემცველი ნიჟარების ამოღებასაც კი ასწავლიან.
წყალქვეშა სამყაროს დასათვალიერებლად, იაპონიაში უკვე დიდი ხანია, რაც მინის ფსკერიან კატარღებს იყენებენ. მისი ცენტრალური ნაწილი მინისაა და მგზავრები გზადაგზა წყალქვეშა სამყაროს ხილვით ტკბებიან.